Schmerzhafte Entzündungen an den Augen können immer dann entstehen, wenn Proteine und andere Ablagerungen nicht regelmäßig von den Kontaktlinsen entfernt werden. Im besten Falle geschieht die Entfernung mit Hilfe von einem Proteinentferner, der sich speziell auf die Proteine konzentriert, diese zerschlägt und von den Linsen spült. Am leichtesten lassen sich die Ablagerungen durch die Proteine mit einem enzymatischen Reiniger entfernen. Dieser liegt meist in Tablettenform vor und wird in die Reinigungslösung der Kontaktlinsen einfach hineingegeben. Im Anschluss müssen die Linsen lediglich noch einmal mit einer Kochsalzlösung abgespült und können wieder ganz normal eingesetzt werden. Zudem gibt es Kombilösungen, bei denen die Proteinentfernung gleich enthalten ist. Die Entfernung ist aber nicht ganz so intensiv wie bei den Tabletten, die man einzeln hinzugeben kann. Die Kombilösungen mit der integrierten Entfernung sollte daher nur bei Wochenlinsen und Monatslinsen zum Einsatz kommen. Diese werden nach Ablauf der kurzen Tragezeit entsorgt. Während dieser kurzen Zeit sind die Ablagerungen nicht so stark, dass sie zu einem Problem für die Augen werden könnten.